Nach ihrer Ausbildung zur Krankenschwester absolvierte Frau Dr. med. Lilly Berger ihr Medizinstudium an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Deutschland, welches sie 2008 mit dem Staatsexamen abschloss. Im Anschluss daran verbrachte sie ein Jahr in der Orthopädie/Chirurgie des Ziegler-Spitals in Bern, bevor sie ihre Facharztausbildung in Gynäkologie und Geburtshilfe an den Kantonsspitälern Frauenfeld und St. Gallen abschloss (November 2016). Seit 2014 war sie als Oberärztin am Kantonsspital Frauenfeld tätig, wo sie im Blasen- und Beckenbodenzentrum ihre urogynäkologischen Kenntnisse in konservativen und operativen Therapien vertiefte. Im Dezember 2021 erlangte sie den Schwerpunkt-Titel für Operative Gynäkologie und Geburtshilfe FMH.
Seit März 2023 ist sie Teil des Praxisteams der Stadtpraxis für Frauen und arbeitet als Belegärztin an der Hirslanden Klinik Stephanshorn, wo sie Geburten begleitet und gynäkologische Operationen durchführt.