Im Anschluss an die Ausbildung zur Krankenschwester absolvierte Frau Dr. med. Lilly Berger ihr Medizinstudium an der Christian-Albrechts Universität zu Kiel, Deutschland, und schloss dieses 2008 mit dem Staatsexamen ab. Nach einem ersten Jahr auf der Orthopädie/Chirurgie im Ziegler-Spital in Bern absolvierte sie die Ausbildung zur Fachärztin für Gynäkologie und Geburtshilfe an den Kantonsspitälern Frauenfeld und St Gallen (Abschluss November 2016). Seit 2014 war sie als Oberärztin am Kantonsspital Frauenfeld tätig. Im dortigen Blasen- und Beckenbodenzentrum vertiefte sie ihre urogynäkologischen Fähigkeiten (Konservative und operative Therapien). Im Dezember 2021 erwarb sie den Schwerpunkt-Titel Operative Gynäkologie und Geburtshilfe FMH.
Seit März 2023 ist sie Teil des Praxisteams der Stadtpraxis für Frauen. Als Belegärztin an der Hirslanden Klinik Stephanshorn begleitet sie Geburten und führt gynäkologische Operationen durch.